首先需要保证的是卫生指标。玻璃钢水箱的卫生指标有两个方面，一是水箱本身不能污染水质，二是储存时间长的水不可以污染自来水管网。

从第一方面来讲，玻璃钢水箱板采用食品级树脂，其他配件也均采用对水质无污染，不溶解的物质，所以从水箱本身来说是不会对水质造成二次污染的。

从第二方面来讲，有以下几点需要注意。

1：的人孔和顶盖之间的缝隙是昆虫和雨水进入水箱的主要通道，人孔盖与顶盖要吻合紧密，并用富有弹性的无毒发泡材料嵌在接缝处。暴露在外的人孔盖要有锁（防止非管理人员，特别是儿童进入）。

通气管口和溢流管是外界有害生物入侵的通道，所谓有害生物是指由空气中灰尘携带（细菌、病毒、孢子）、蚊子、爬虫、老鼠、麻雀等，这些是造成玻璃钢水箱的水质污染因素之一，所以要采取过滤、隔离等防止生物入侵的措施。

2：进水管要在高出玻璃钢水箱溢流水位以上进入水箱，是为了防止进水管出行压力倒流或破坏进水管可能出现虹吸倒流时管内真空的需要。

设置在地下室中的水箱，尤其是设置在地下二层或以下的水箱，当水箱中的最高水位比建筑物的给水引入管管底低300mm以上时，此水箱可被认为不会产生倒流现象。

3：当生活饮用水水箱内的贮水48h内不能得到更新时，应设置水消毒处理装置。水箱内的水停留时间超过48h，一般被认为水中的余氯已经挥发完了，故应进行再消毒。

4：在非饮用水管道上接出水嘴或取水短管时，应采取防止误饮用的措施。为了防止误饮用，国内外相关法规中都有此规定。一般做法是挂牌，牌子上写“非饮用水”“此水不能喝”等字样，还应配有英文，如“NO Drinking”或“Can not Drinking Water”，以此确保玻璃钢水箱内的水不产生危害。